Romanda, II.Abdülhamid döneminde yaşayan Rabia adlı genç bir kızın yaşam öyküsünden yola çıkılarak, doğu ve batı kültürünün çatışması dile getirilmektedir. Hikâye İstanbul’un Aksaray semtinde yer alan Sinekli Bakkal Sokağı adlı yoksul bir sokakta geçmektedir.
Mustafa Efendi, bakkallık yapan yobaz mahalle imamıdır ve kızı Emine ile birlikte yaşamaktadır. Karısını genç yaşta kaybetmiş ve bir daha evlenmemiştir. Emine, mahalle okulunda birlikte okuduğu, Karagöz oynatan ve ortaoyununda zenne rolüne çıkan Kız Tevfik’e sevdalıdır. Babasının karşı çıkmasına rağmen Tevfik ile evlenir. Mustafa Efendi kızını evlatlıktan reddeder. Tevfik, İstanbul Bakkaliyesi isimli dükkanı işletmektedir. Fakat işleri her geçen gün kötüye gitmektedir. Bu arada, tiyatro ve orta oyunculuğu merakı da devam etmektedir. Kocasının aymazlık ve vurdumduymazlıklarına dayanamayan Emine, Tevfik’ten boşanır ve baba evine döner. Emine ile Tevfik’in, Rabia adında bir kızları olur.
Dede Hacı İlhami Efendi, Rabia’yı mahalle mektebine göndermez ve eğitimini kendisi üstlenir. Rabia’yı bir hafız olarak yetiştirir. Rabia, ayetleri çok çabuk öğrenmektedir. Henüz 11 yaşında iken Kur’an’ı ezberlemiştir, ayrıca sesi de çok güzeldir. Mevlit ve Kur’an okumada ün yapmıştır. Rabia’nın bu ünü mahalledeki Zaptiye Nazırı Selim Paşa’nın karısı Sabiha Hanım’ın da dikkatini çekmiştir. Rabia günlerinin büyük bir bölümünü Sabiha Hanım ile birlikte konakta geçirmeye başlar. Nazır Selim Paşa ve Sabiha Hanım, Rabia’nın eğitimini üstlenmişlerdir. Rabia, ünlü Mevlevî Şeyhi Vehbi Dede’den müzik derslerinin yanı sıra, Arapça ve Farsça dersleri de almaktadır. Ayrıca tef, kânun ve ud çalmayı da öğrenmektedir. Rabia’nın musikiye olan merakı ve başarısı, Selim Paşa’nın oğlu Hilmi’nin arkadaşı olan İtalyan müzisyen Peregrini’nin de dikkatini çekmektedir.
Aynı dönemde sürgünden dönen Tevfik bakkal dükkanını yeniden işletmeye başlar. Rabia, kendisi doğmadan sürgüne gönderilen babasını ilk kez görür. Tevfik kızına her şeyi anlatır. Rabia, babası ile birlikte yaşamayı tercih eder ve onun yanına taşınır. Bakkal dükkanını birlikte işletirler. Tevfik Karagöz oynatmaya da devam etmektedir. Rabia ise giderek daha güzel bir kız olmaktadır. Bu arada Rabia annesinin ölüm haberini alır, fakat babasına hiçbir şey söylemez.
Zaptiye Nazırı Selim Paşa, yönetime baş kaldıran ve gizli ajan olabileceği endişesiyle bir çok kişiyi göz altına aldırmakta veya sürgüne göndermektedir. Yönetime başkaldıran Genç Türkler arasında Selim Paşa’nın oğlu Hilmi de vardır. Hilmi ile Tevfik tanışmaktadırlar. O devirlerde Fransız Postanesi Türk’lerinkinden ayrıdır. Hilmi’ye Paris’ten çeşitli dergi ve gazeteler gönderilmektedir. Tevfik, Hilmi’nin isteği ile kadın kılığına girerek bu gazete ve dergileri postaneden almaktadır. Fakat bir gün Tevfik yakalanır ve sorguya çekilir. O’nu imam olan ve Tevfik’i hiç sevmeyen kayınpederi ihbar etmiştir. Tevfik geçirdiği ağır sorgulara rağmen Hilmi’nin ismini vermez. Fakat işin içinde Hilmi’nin de olduğu anlaşılmıştır. Tevfik ve Hilmi Şam’a sürülürler.
Babasının sürgüne gönderilmesinden sonra Rabia, babasının yakın arkadaşı olan Rakım Amca ile birlikte bakkal dükkanını işletir. Peregrini ve Vehbi Dede de Rabia’yı hiç yalnız bırakmaz. Rabia, babasını sürgüne göndermesinden dolayı Selim Paşa’ya çok kızgındır ve artık konağa gitmemektedir. Bu arada hafızlığa da devam etmekte ve mevlitlere davet edilmektedir. Ünü gün geçtikçe artmaktadır, çok tanınmış bir hafız olmuştur artık. Bu arada Peregrini ile Rabia birbirlerine aşık olmuşlardır. Fakat aralarında bir engel vardır: İkisi de farklı dinlere inanmaktadır. Peregrini aşkı uğruna Müslüman olmayı kabul eder ve Osman adını alır. Rabia ve Osman evlenirler, Sinekli Bakkal Sokağında yaşamaya devam ederler. Rabia çok zor bir hamileliğin ardından bir erkek çocuk dünyaya getirir.
Bu mutlu olaylardan bir süre sonra, 1908 yılı Temmuz ayında Meşrutiyet ilan edilir ve sürgünde olanlar geri döner. Vatan haini olarak sürgün edilenler hürriyet kahramanları olarak karşılanırlar. Rabia, yıllar sonra tekrar babasına kavuşmuştur. Tevfik ise bir torunu olduğunu öğrenmiştir.
Halide Edip Adıvar bu ünlü romanında; II.Abdülhamid döneminin İstanbul’unu, yoksul bir mahallede yaşananları, doğu-batı çatışmalarını, saray çevresini hep birlikte çok başarılı bir şekilde işlemektedir.
